Endnote 的替代品

開源軟體已經流傳多年，大部分的程式也都有不錯的替代品，可是給學術上用的就比較少了，雖然文書處理可以用 Open Office，但是要寫論文可就難了，特別是要引用學術文章的時候，總是離不開 Endnote，尤其是好用的 Cite while you write (CWYW)功能，邊寫就能邊加入註解，這麼好用的功能，實在令人愛不釋手。然而 Endnote 的 CWYW 只適用於 Word，若是要用 Open Office 或其他編輯器，那就得用 RTF 格式，然後最後再讓 Endnote 重新編排。當然， Endnote 也不是沒有缺點，個人覺得最差的就是網路搜尋功能，總是得先去 Pubmed 網站搜索文章，找到該文章的作者與日期，再從 Endnote 中去連，可是 Endnote 的介面又比網頁介面差了許多，沒有智慧搜索功能 (例如自動搜尋複數形式及異名實際卻相同的蛋白質名字)，另一個方法是使用 Endnote 的 Firefox Plug-in，不過每次傳到 Endnote 的時候都要選擇正確的格式，這可是會令人快要瘋掉...於是搜尋了很久，終於找到了能夠直接在 Firefox 下運作的 Zotero。

Zotero 也是 Firefox 的一個 plug-in，與 Endnote 相同的參考文章管理系統，最重要的功能就是可以直接從 Pubmed 網頁上擷取該文章的相關資訊 (也支援 ISI Web of Science)，如下圖：


安裝後，只要按下工具列中的 Z 鍵，就能夠叫出Zotero視窗。當載入任何Zotero能夠擷取資訊的網頁時，網址列就會出現一個文件的符號，按一下即可將該文章放入資料庫之中，此外，所有的條目皆能夠加入附件，可以用來加入該文章的PDF檔，Html檔，或是Supplementary data等，以後就不需要擔心找不到附件了。除此之外，Zotero也能直接從 Amazon 直接讀取書籍資料，或是備份網頁 (snapshot)。

Zotero也支援 CWYW 的功能，現在僅支援 Word，不過網頁上說未來會加入Open Office的版本，需注意的是，Zotero的CWYW功能還在發展之中，格式仍然不多，每個人恐怕需要自己加入所需的版本，另外一個問題是，因為Zotero是Firefox的套件，所以其語言會使用Firefox內設的語言(所以上面就變成中文版了)，而且不能更改，缺點是，當你使用它的 CWYW 功能時， "Lee et al., 2007" 就會變成 "Lee 等人, 2007"，所以最好使用英文版的Firefox。

另一個 Endnote 的替代品是 Bibus，與 Endnote非常類似，也有 CWYW 功能，並且支援 Word 與 Open Office，內建的格式較多，並且不會有語言的問題，在Zotero的 CWYW進步前，可以兩者並用：先用 Zotero 整理文章，然後輸出到 Bibus中使用。

所以各位，可以試著把 Endnote 丟了吧。

敗了這個....

正面 及 背面

五月的桌面

炫耀一下桌面：


主要工具：Avedesk + Sysstats顯示桌面圖示、時間、月曆以及電腦狀態，Object Dock如Mac OSX的Dock相同，可用來執行程式，Nubs用來最小化視窗，在各視窗切換則用TopDesk (Expose Clone)，


細部解說：

桌布：Ecto


Object Dock Theme: Reflections by Styrizo




Nubs: 跟Sticky Windows一樣，把視窗移到邊緣就會自動縮小，這裡有示範影片。



以下皆須先安裝 Avedesk 及 Sysstats


桌面圖示：Heart






Sysstats Widget: MSN Status，建議將更新速度增加為60秒或更多，否則很耗資源 (預設為 1 秒)。
Avedesk Desklet: WirelessInfo，顯示無線網路強度。

時間：Simple Clock

月曆：Vertical Calendar，也有水平版本











系統資訊：自己寫的。不過顯示文字是很容易滴...



使用說明請參考各程式Readme或前往www.aqua-soft.org/board討論

神經寶寶！

實驗室新來的研究生親手做的，炫吧！背後打開還可取出細胞核以及粒線體，軸突 (下方那一條) 頂端打開則有 Synaptic Vesicles。

有沒有要團購的？

Hyperion 翻譯稿送出！

It's done! 翻譯稿送到出版社了。

Sydney Brenner's Seminar (1) "Drowning in a Sea of Data and Thirsting for Knowledge"

本週分子生物學的元老之一及諾貝爾獎得主Sydney Brenner來柏克萊演講三場，主題為「Biology and New Mathematics」，今日是第一場，談論該如何在後基因體時代該如何去了解生物的機制，而非純粹描述一切細節。首先，他指出好的科學研究最好具備三項特點—C.A.P. 意即 Complete, Accurate, Permanant。很不幸的，今日的生物學研究除了DNA Sequencing之外，恐怕符合這三點的還不多。然而，DNA Sequencing並不能告訴我們生物是如何運作的。以城市為比喻，DNA Sequencing就好像是電話簿上的住址，並不能告訴我們城市的機能如何？產業結構又是什麼樣子？必須描述的是蛋白質之間的交互作用。很不幸 (或很幸運？) 人類有兩萬多種不同的基因，要描述所有不同蛋白質的交互作用是無法用人腦去理解的...不過，如果將交互作用視作 20000 x 20000 的矩陣，可以發現其實是非常 sparse 的，即一個蛋白質能 interact 的蛋白質其實不多，事實上，大部分的蛋白質都是結合成 complex 來運作，既然一個 complex 通常約有十個不同基因，這就將需要描述的單位降低為 2000 個，再考慮這些 complex 出現的地點，也許可以降到 100 個單位 / 胞器，開始進入人類比較能夠處理與應用的範圍了。因此 Sydney Brenner 建議用 complex 作為描述的基本單元。

他以 beta-adrenergic receptor 為例，說明這個概念，beta-adrenergic receptor 及所屬的 G-protein 和 Adeno-cyclase 為一 complex ，可以將 adrenalin 轉換成 cAMP，該描述的重點在於了解adrenalin 的量與 cAMP量的 transfer function。 cAMP則是在不同 complex之間的訊號，其他complex (例如：PKA) 則會受 cAMP的影響而作一些其他的生化反應。因此這樣子的描述有助於簡化訊號傳遞鏈。不只如此，心肌、橫紋肌、神經細胞都會表現 beta-adrenergic receptor，雖然是不同的 subtype，但整體結構是一樣的。 Sydney Brenner用資訊科學的名詞 object 與 instantiation 來描述這種不同，整體結構可視為一個 object，而每個特例則為一個 instance。於是這樣便將訊號傳遞鏈的生化問題轉換成了通訊及控制理論的問題。

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最近這種將生化反應視為工程問題的看法似乎越來越普遍，也許不久的將來分子生物學家也得懂各種工程理論，個人趕搭這班列車，正好開始看 Cybernetics 一書 (雖然接觸到這本書的理由十分複雜...)，要是有任何心得，再與各位分享了。

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附上 Sydney Brenner 說的笑話兩則：

Data Mining 的新定義： My data is mine, and your data are also mine. Data MINE-ing....

Post-genomics 的時代裡，什麼 -omics 最重要？ 答： ECON-omics。